Bioinformatica
Laboratorul 4
Algoritmi de programare dinamică pentru aliniere de secvenţe (2)
Temă
La alegere, cel puţin două dintre:
- Adaptaţi algoritmul de aliniere globală implementat la laboratorul anterior pentru găsirea tuturor alinierilor de scor maxim dintre cele două secvenţe. Cât devine complexitatea spaţiu?
- Adaptaţi algoritmul de aliniere locală implementat la laboratorul anterior pentru identificarea de repeated matches (detalii în curs, 24-25).
- Adaptaţi algoritmul de aliniere locală implementat la laboratorul anterior pentru identificarea de overlap matches (detalii în curs, 26-28).
- Implementaţi algoritmul de aliniere globală pentru gap-uri afine (detalii în curs, 29-33).
Resurse
- Curs Pairwise Sequence Alignment (în special slide-urile 24-39)